为了防止各地政府滥发地方债券，日本地方公债的发行实行审批制。日本《地方自治法》第250条规定：“发行地方债以及变更发债、偿债方法和调整利率时，必须日本公债经自治大臣或者都道知府知事批准。”地方政府申请发行公债，首先要决定许可预定额，在许可预定额范围内，经地方公共团体议会的决议手续，才能正式申请借款许可，最后作出正式的许可。日本公债具体程序：地方政府要求发行债券时，首先要经地方议会的表决；要事先向自治省申报，提出所要发展的建设项目、资金来源和需要发行债券的额度。自治省审查后，将各地的发债计划进行汇总，并同大藏省协商，而后由自治省统一下达分地区的发债额度。如果发行公募债券，在得到地方议会及自治大臣的认可后，由大藏省、自治省、受托银行以及证券公司召开会议，日本公债决定每月发行总额及各地方的发行额。各地方政府公债的发行必须向自治省上报计划，并经自治大臣批准。自治大臣批准时，要与大藏大臣协议，听取大藏大臣的意见，所以称为协议审批制度。日本公债自治大臣与大藏大臣审批地方政府借债的重点是当年不批准发债的地方政府或限制发债的地方政府的名单，确定的依据一般有：一是对于不按时偿还地方债本金或发现以前通过明显不符事实的申请获准发债的地方政府，不批准发债；二是公债费比重在20%以上的地方政府不批准发行福利设施建设事业地方债，比重在30%以上的地方政府不批准一般事业债；三是对当年地方税的征税率不足90%或赛马收入较多的地方政府发债也进行限制；四是严格限制财政赤字的地方政府和赤字公营企业发债等。
每年在编制国家预算及决定财政投融资计划等的同时，由大藏省与自治省共同协商确定地方政府债券计划，日本公债作为对公共团体准予发行地方政府债券的调配资金的根据。地方政府债券计划是对当年度的全国地方政府债券发行总额的估算，是按地方所要进行的各事业逐项审定的，同时日本公债要确定认购地方政府债券的对象。通过地方财政计划、财政投融资计划和地方政府债券计划来控制地方政府债券规模，控制地方财政规模。为了控制地方政府的资金需求，避免过滥发债，中央对于各地发行债券的用途逐项审查，看其是否合乎法律规定。对于有赤字的政府举债要求必须符合法律规定，并拿出财政重建计划，否则不予考虑。同时还限制一些拖欠支付地方政府债券本利，不积极组织收入和合理安排财政支出，或连续3年地方政府债券费用开支占普通会计支出比重在20%以上的地方政府和因经营不善而出现严重亏损的公营企业，不得发行地方政府债券。
日本实行审批制度的目的在于：一是防止地方公债的膨胀，确保各地方财政的稳健运行；二是防止资金过分向富裕地方政府倾斜，确保合理的资金分配；三是统一协调中央、地方政府及民间资金的供求关系。按照规定，地方公共团体不能随便发行地方公债，地方公债根据公债发行审批制度进行。拥有地方公债发行审批权力的是总务大臣（原来为自治省，现与之有关机构变更为总务省）或都道府县知事。债券发行要经过中央政府有关部门严格审批，发行数额和发行条件由监管部门制定和执行。从2006财年起，基于分权化改革，日本将严格的审批制转变为协商制。地方政府在一定条件下可直接举债，但报请总务省审批的地方政府可以获得两项优惠：一是总务省在计算对地方政府的转移支付时考虑偿债因素；二是中央政府为满足条件的地方政府提供优惠借款。受此激励，地方政府大多选择经中央政府批准后再举债，实际上总务省对地方政府债务的监管力度并未减弱。这一机制给予了地方政府举债更多的选择权，同时通过中央政府的激励约束，强化了地方政府的责任。
此外，日本还具有严格的审计监督制度。在日本，地方公债的发行、流通、偿还以及资金使用，都要受到专门审计机构的审计监督。日本审计机构主要由国家会计检察院和地方监察委员会构成。会计检察院是日本的最高审计机关，属于国家行政序列，但独立于内阁，不受政府干涉，负责对中央收支决算及法律上规定的会计事项进行审计监督；地方监察委员会负责对地方政府财政收支及行政行为进行审计监督，对每一审计对象，监察委员会分别出具一份审计报告，直接提交给议会或委托审计的政府部门。对于审计中发现的问题，监察委员会通常不会直接作出处理，而是提出改进措施或意见，建议管理部门实施处罚。实际上，监察委员会所提建议一般很受重视。总之，日本通过建立地方公债制度，一方面充实了地方财源，加快了地方经济和公益事业发展，在提高公共服务水平、满足民众生活需求方面发挥了重要作用；另一方面，通过法律制约和中央政府的严格管理，在防止地方公债膨胀和加强中央对地方财政的指导等方面也发挥着重要作用。
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