一是资金来源单一。中国创业投资基金主要来源于政府或具有政府背景的国有企业等，民间投资较为匮乏。在创业投资发达的美国，其创业投资资金主要来源于私人资本。同时，创业投资机构现有创投资机构组织架构较为单一，创业投资机构融资渠道有限，创业投资机构难以充分调动包括个人、企业、金融机构等多重力量纳入风头网络。二是退出机制不健全，多层次资本市场有待完善，创投资本难以顺利退出，管理层收购、回购等退出渠道运用受到制度性限制。目前，创业投资机构大多数投资都滞留在被投资企业，依靠被投资企业股利分红形式收回投资，导致风险投资周期拉长、风险增大，创投机构与被投资企业相绑定，难以实现自我增值和发展。三是创投资本管理团队专业化程度偏低，存在经营短视、盲目跟风投资现象。一些创业投资机构将风险资金用于证券市场短期投机，难以将资金配置到科技企业，也难以将资金用于企业技术创新活动，从而背离了风险投资业务初衷。此外，目前国内创业投资机构规模相对较小，受到资金规模限制，难以通过组合投资实现风险分散，缺乏应对较高风险的能力，导致其资金无法实现快速滚动扩张。
目前，中国金融中介服务存在问题主要有：针对科技创新的担保机制不完备，创业投资机构知识产权质押等存在较大操作困难，惠及范围有限；会计师事务所、律师事务所等中介机构在人才、创业投资机构管理等方面存在一定缺陷；部分中介机构缺乏诚信，行业监管相对缺位，导致市场存在诚信真空。
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