作为一种交易模式，程序化交易曾一度被称为“自助取款机”，而高频交易、追逐返佣的超级工具等代名词也一直使其备受责难。然而，业内人士指出，程序化交易只是一种交易方式，盈亏仍取决于操作者的投资理念，程序化交易未必一定导致高频交易。
程序化交易是将特定的交易规则或策略编译为计算机程序，通过计算机计算并发出交易信号，由交易员下单或计算机自动下单来完成的交易。因此，程序化交易的本质在于交易思想的程序化，程序仅充当一种工具，这种工具可以矫正投资者交易计划的随意性、决策的情绪化，可以高速捕捉并把握市场瞬间出现的套利或投机机会。实践中，市场上采用程序化交易模式的盈利效果参差不齐，甚至出现亏损，本身就说明了程序化交易对投资只能起到一定的辅助作用，而不是决定作用。
即便在多数业内人士眼中，程序化交易必然导致高频交易。但上海中期创新部负责人朱军则表示，这实际上使程序化交易含义变得非常狭隘，并很容易把程序化交易“妖魔化”成高频交易的代名词。实际上，程序化交易更多的内涵应在于交易规则和交易理念的程序化，计算机在此过程中，仅充当了工具的作用。
而另一种观点则认为，高频交易仅为程序化交易的一个部分，不排除市场上存在以高频交易为手段，把高频交易理念写入程序，频繁进行无风险套利。但这并不是程序化交易涵义的全部。兴业期货总经理夏锦良和朱军均认为，采用程序化交易模式的投资者不一定频繁交易，日内反复交易的客户也未必借助程序。并且，程序化交易瞬间发现期现基差扩大并进行套利，使得基差始终维持在合理范围内，起到平抑市场波动的作用，因此程序化交易的存在有其现实意义。
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