(一)缺乏规范、统-的法律依据，员工持股计划不完善
到目前为止，全国有30多个省市制定颁布了有关员工持股计划的行政性管理办法，各地制定颁发的这些规定，明确指出主要依据《中华人民共和国公司法》、《社会团体登记管理条例》和《中华人民共和国工会法》。然而，在这几个主要的法律法规中，并没有支持员工持股的相应条款。例如，1999 年实施的《公司法》规定，以后设立的公司中不再设立内部员工股。另外,原先国家相关部委曾经作出的政策性规定，也在上世纪90年代中期停止执行。例如，原国家体改委曾于1992年制定《股份有限公司规范意见》，对定向募集股份有限公司设立内部员工股的行为作出规定，后又发文废止了这个规范意见。员工持股会不具有独立的法人地位。民政部和证监会相继对员工持股会的法人地位做出了限制性的规定，明确指出员工持股会和工会不可作为上市公司的股东。
(二)员工持股形式化
在我国的上市公司中，绝大部分都发行过内部员工股,但在建立员工持股机构的公司中，只有20家公司的员工持股机构位
居前10名股东之列，而真正具有“参政资格”的只有14家(持股比例5%以上，居前3名股东之列)。在大部分情况下，内部职工股的配售本身是-种福利而非激励，它只按员工的注册身份和职位级别平均分配认购份额，而不是根据员工的劳动表现和工作业绩拉开差距，从而在配售中出现了新的“大锅饭”; 另外，股份制改造后，一部分公司并未充分重视股东大会的作用.和员工的参与决策权，员工的参与决策权较改制前并未能有效增加。
员工持股计划是股份制改造的重要组成部分，国家提倡股份制改造的目的之-是使企业改革产权结构、转换经营机制，但在缺乏相应法规指导的情况下，某些企业将国有企业的股份制改造当作-项政治任务来完成，使员工持股非但没能增强企业内部凝聚力和员工长期受益，反而成为一条“内部人”谋取短期利益的途径。
(三)国有资产转让问题严重
问题之一是如何对经营性国有资产进行评估、定价和转让;问题之二是由谁来主持这项工作，是由目标企业来做，还是由国有资产管理部门来做;问题之三是如何对国有无形资产进行处置。
(四)无法走出融资困境
很多省市明确规定应以个人出资为 主，而国有企业长期的低工资使员工手里的资金有限，又基本得不到政府金融、税收等的支持，因而员工持股计划规模一般较小,持股风险过大。目前，金融部门基本没有介人企业员工持股，按照(贷款通则>的有关规定，银行贷款不得进行权益行投资;银行贷款要有合格的担保抵押。这些都使得员工不可能为了购买公司的股份而从银行贷款，极大地限制了员工持股的发展。
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