1、认购对象不同
股本权证持有者只能认购发行股本权证的上市公司的股票，备兑权证持有者有时可认购一组股票。同时、针对一个公司的股票，会有多个发行者发行备兑权证，它们的兑换条件也各不一样。
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2、发行时间不同
股本权证一般是上市公司在发行公司债券，优先股股票或配售新股之际同时发行。备兑权证发行时间没有限制。
3、发行者不同
股本权证通常由上市公司自行发行，也可通过券商、投行等金融机构发行。备兑权证由上市公司以外的第三者发行，发行人通常都是资信卓著的金融机构，或是持有大量的认股对象公司股票以供投资者到时兑换，或是有雄厚的资金实力作担保，能够依照备兑权证所列的条款向投资者承担责任。
4、发行目的不同
股本权证与股票或债券同时发行，可以提高投资者认购股票或债券的积极性。同时，如果到时投资者据此认购新股，还能增加发行公司的资金来源。备兑权证发行之际，作为发行者的金融机构可以获取一笔可观的发行收入。当然它也要承受股市波动给它带来的风险。
5、到期兑现不同
股本权证是以持有者认购股票而兑现，备兑权证的兑现，可能是发行者按约定条件向持有者出售规定的股票，也可能是发行者以现金形式向持有者支付股票认购价和当前市场价之间的差价。
股本权证和备兑权证的共同之处：
(1)持有者都有权利而无义务，即两者都有期权的特征。在资金不足、股市形势不明朗的情况下，投资者可以购买权证而推迟购买股票，减少决策失误可能造成的损失。
(2)两者都有杠杆效应。持有者只要支付权证的价格就可保留认购股票的权利。因为权证的市场价格大大低于股票的价格，所以，购买权证提供了以小博大的机会。
(3)两者的价格波动幅度都大于股票。认股权证和备兑权证的价格都随股票的市场价格波动而同向波动，由于杠杆效应，其波幅都大于股票波动幅度。
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